Усадьба была перестроена по чертежам Н. А. Паув. В 1880 году началась перестройка надворных строений. По проекту 1888 года в усадьбе построен одноэтажный деревянный дом, каменный флигель, водочный завод с подвалом (не сохранились). 21 июня 1891 года в доме Голдобиных останавливался наследник престола Николай II, возвращавшийся из кругосветного путешествия. В 1892 году после смерти И. Ф. Голдобина владелицей усадьбы стала его жена Елизавета Ивановна Голдобина (позже Кукель). В 1900-е годы Елизавета Ивановна переехала в Киев, а владельцем усадьбы стал сын Ивана Флегонтовича — Николай Иванович Голдобин.
После Октябрьской революции дом был реквизирован по решению Совета рабочих, крестьянских и солдатских депутатов. В годы Советской власти в доме располагались различные учреждения, некоторые помещения использовались как жилые квартиры. 9 июля 1996 года Постановлением Правительства Республики Бурятия дом был объявлен памятником архитектуры и градостроительства.
Много лет в музее функционирует кинодвор - единственная open-площадка города, куда приходят поклонники просмотра кинофильмов.
В фондах и коллекциях музея хранятся предметы быта конца XIX – нач. XX в., старинная посуда, мебель, предметы гардероба, образцы вооружения казаков и красноармейцев, всего свыше 2 500 предметов. В первом зале гостей встречает постоянная музейная экспозиция «Городские были», состоящая из картин художника Сергея Емельянова (картины выполнены в стиле пуантилизм, на картинах показаны основные вехи развития Верхнеудинска, от его развития и до советских времен).
Среди интересных музейных экспонатов - фортепиано конца XIX в. фирмы Hupfer, изготовленное в Германии.
Коллекция старинных самоваров, один из которых принадлежал кухарке Голдобиных.
Один из залов музея украшает также и старинный шкаф с витражным стеклом в стиле модерн, германского производства конца XIX в.
На второй этаж музея можно подняться по старинной винтовой лестнице, изготовленной по заказу Голдобина для своей усадьбы. По этой лестнице поднимался цесаревич Николай, будучи в гостях у И.Ф. Голдобина во время визита в Верхнеудинск в 1891 году.
